在部派佛教发展的过程中，大众部系一直有相当自由开放的观念，一向反对上座部系对佛陀教法的理论化、统一化；一直想将佛陀的教法与时空变化的脉动结合起来，其中法藏部开发出大量的「本生说」故事，主要叙述释迦牟尼佛於过去世受生为各种不同身形及身分，为了救度众生种种危难，或为了精进求法而成就的种种菩萨道之修行事迹，一一被汇编成为《菩萨藏》，启发了大乘佛教十方三世诸佛菩萨的思想，重新强调佛教徒应本着对佛陀入世精神的永恒怀念，将佛教带回人间来加以应世活用。另外，在家居士所从事的宗教活动，也加速了大乘佛教运动的兴起，从建造佛塔对佛陀的缅怀，更强调讽诵经卷的信仰，传诵释尊此世及过去生中修行的事迹，建立起圆满佛身常在的佛陀观，对於佛陀教法的继承与发挥，再度走入人们日常生活世界中，这些都是促成大乘佛教思想的兴起原因。
大乘佛学在精神内涵与实践上，都与部派佛教有很大差异，此异别可就几个方向来谈:
第一、∵佛学思想的发展中，部派佛教主张「我空法有」，而大乘佛教则以「一切法皆空」来破斥之，由「析法空」转向「体法空」。
第二、在佛学研究层面，部派佛教注重经典言句及论理教义的分析，但大乘佛学则鄙弃一昧的深入分析，而是更重视对佛陀教义之生活实践。
第三、菩萨精神的强化：「菩萨」一词的全译是「菩提萨陲」，是「菩提」与「萨陲」二词结合起来的复合名词。龙树菩萨在《大智度论》卷四解释「菩提名诸佛道，萨陲名或众生、或大心，是人诸佛道功德尽欲得，其心不可断、不可破、如金刚山，是名大心......有声闻人、辟支佛人、有求生天人、有求乐自活人、此四种人不堕菩萨中。何以故？是人不发心言：『我当作佛』故」，从上文可知，大乘佛教的思想重心乃菩萨精神的展现。
∵第四、宗教修行实践与目标，部派佛教偏向於个人远离社会，隐遁禁欲，以断除一切烦恼，摆脱轮回为最大目标，其究竟果位为阿罗汉；而大乘佛教认为众生对佛陀教义的理解，是人人都可透过在现实生活世界中的体证，在菩萨自利利他的实践中成就佛道。
约在西元一世纪前後，在印度佛教史中，出现了代表初期大乘佛教的般若诸经，「般若（波罗蜜）」的意思是指「超越的智慧（圆满无缺）」，是体悟到世间一切万象皆为无自性本「空」的智慧，此种「空」的智慧可以使我们认清苦的本质而超越苦难，是获得彻底解脱的智慧。在这样的环境背景下，中观学派的开创者－龙树菩萨，受到般若诸经思潮的影响，进一步在其着作《中论》里，以「破邪显正」的论述方式阐扬般若诸经「空」的思想，破斥说一切有部等部派佛教说「法体实有」的哲学，也辩破外道执「有」的论点，来阐扬佛陀说缘起的中道实践立场，「缘起性空」逐成为大乘中观学派学说的理论核心。
龙树菩萨的学说由後人弘传到後来，反而落入执空理而忽略了中道的生活实践。此时，引发了大乘佛教思潮的转变，有些人已意识到尽管谈空理，但现实生活世界中的精神活动（意识活动的问题），仍是不可忽视的一环，而开展出对「心」问题更多的讨论，中期大乘佛教主流思潮－瑜伽行派（又名唯识学派）即着重於心识问题的讨论。
瑜伽行派是指无着、世亲这个系统，以《解深密经》为本经，《瑜伽师地论》为本论，另辅以大乘经典做为它的理论根据。瑜伽行派认为我们对一切事物的认识，都是我们的意识活动，每个人对同一事物认识上的差异，是因为个人阿赖耶识中种子不同所造成的，故说「识所缘，唯识所变现。」此即瑜伽行派的思想核心。而在瑜伽行派的发展过程中，世亲之後又分裂成两大系统，其中一系以难陀、安慧为代表，以维持世亲学说的原本精神及文字原貌为己任，认为种子是假有，一般被称为唯识古学（即无相唯识学派）；而另一系的代表人物首推陈那，此系较自由，在不失无着、世亲学说的基本精神下，对其学说与文字进一步地开展诠释，认为种子是实在的，此派被称为唯识今学（即有相唯识学派）。
中期大乘佛教虽以「心」的讨论为主流，但龙树的中观学说仍续有发展，有佛护、清辩等人对其学说加以阐扬与讨论，由於对龙树《中论》注解的不同，而发展出佛护以归谬证法来诠释龙树对「空」的主张，而得「归谬论证派（亦称具缘派）」之名，而另一系则是以清辩为代表的「自立论证派（亦称依自起派）」。大乘佛教後来的发展，又有中观与瑜伽融合的倾向，寂护所代表的瑜伽中观派即是，当时那烂陀寺的学风也有了改变，将密教也调和进去了。但总是正如唐朝义净大师在其着作《南海寄归内法传》中的序文所说：「所云大乘，无过二种，一则中观，二乃瑜伽。」
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